V.Y.Axundov adına Elmi-Tədqiqat Tibbi Profilaktika İnstitutu Klinikasının Laboratoriya şöbəsində elmin müasir səviyyəsinə uyğun müxtəlif müayinələr aparılır. Burada avtomat və yarım-avtomat analizatorların tətbiqi ilə ümumi klinik və biokimyəvi müayinələr, müxtəlif nümunələrin mikroskopik müayinəsi, həmçinin, pasientlərdən alınmış nümunələrin (qan, sidik, nəcis, vücud mayeləri, yara möhtəviyyatı, dəri qaşıntısı, urogenital sıyrıntı və s.) mikrobioloji (bakterioloji, mikoloji, parazitoloji, virusoloji) müayinəsi və törədici mikroorqanizmlərin antimikrob preparatlara həssaslığının təyini aparılır. Qan zərdabında müxtəlif törədici mikroorqanizmlərin antigenlərinin və onlara qarşı əmələ gəlmiş anticisimlərin təyini üçün klassik seroloji üsullarla (aqqlutinasiya, presipitasiya və s.) yanaşı, immunoferment analiz (ELİSA) də tətbiq edilir. Yeni yaradılan laboratoriyada axın sitometriyası (flow cytometry) və immunoflüoressensiya üsulları vasitəsilə limfositlərin populyasiya və subpopulyasiya səviyyəsində incələnməsi də mümkündür. Laboratoriya şöbəsində molekulyar diaqnostika üsulları (zəncirvari polimeraza reaksiyası - PCR) vasitəsilə götürülmüş nümunələrdə bakteriya, göbələk, parazit və virusların DNT və RNT-nin təyini ilə dəqiq diaqnoz qoymaq mümkündür. Diaqnostik müayinələrdə bir sıra ekspres testlərdən də istifadə edilir..
Müayinəsi çətin olan nümunələrin incələnməsi, eləcə də bəzi mürəkkəb laborator müayinə nəticələrinin interpretasiyası İnstitutun müvafiq Elmi Şöbələrinin mütəxəssisləri ilə əməkdaşlıq şəraitində aparılır.