Parazitar mənşəli xəstəliklərin, o cümlədən tropik xəstəliklərin törədicilərinin aşkar edilməsi və identifikasiyası, elmi tədqiqatların istiqamətindən asılı olaraq onların müvafiq xüsusiyyətlərinin tədqiqi. Parazitar xəstəliklərin diaqnostika, müalicə və profilaktikasının təkmilləşdirilməsi istiqamətində elmi əsaslandırılmış praktik tövsiyyələrin hazırlanması, bu barədə səhiyyə orqanlarına elmi-metodik yardımın göstərilməsi.
İnstitut klinikasının diaqnostik laboratoriyalarından daxil olan patoloji materiallarda patogen və şərti-patogen ibtidailərin indikasiyası, əldə edilməsi və identifikasiyası.