Epidemiologiya şöbəsinin elmi fəaliyyətinə Azərbaycan Respublikasında əhali populyasiyasında geniş yayılmış, reginal patologiya sayılan, endemik ocaqlı yoluxucu xəstəliklərin (bakterial, virus və parazitar mənşəli), eləcə də fövqəladə vəziyyətlər (epidemiya, pandemiya) zamanı qeydə alınan yoluxucu xəstəliklərin epidemik yayılma qanunauyğunluqlarının öyrənilməsi, risk amilləri, risk qruplarının müəyyən edilməsi, epidemik prosesin xüsusiyyətlərinin araşdırılması və epidemioloji proqnozlaşdırılmanın aparılması daxildir.
Epidemiologiya şöbəsi eyni zamanda Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatı və digər beynəlxalq təşkilatlar tərəfindən ölkədə reallaşan beynəlxalq lahiyələr çərçivəsində, Səhiyyə Nazirliyi, TƏBİB və digər tibb profilli elmi müəssisələrlə birgə elmi əməkdaşlıq və dövlət sifarişi əsasında da epidemioloji tədqiqatların aparılmasında iştirak edir. Bununla yanaşı Epidemiologiya şöbəsində yoluxucu və yoluxucu olmayan bəzi aktual xəstəliklərə qarşı elmi əsaslandırılmış profilaktik, əksepidemik tədbirlərin və proqramların işlənib hazırlanır.