Şöbənin fəaliyyətinin əsas istiqamətləri - vaksin preparatlarının tədqiqi, yeni vaksinlərin hazırlanması, onların effektivliyinin in vitro və in vivo öyrənilməsi, müxtəlif xəstəlik törədicilərinin molekulyar identifikasiyası, xəstəlik törədicilərinin və somatik hüceyrələrin gen analizinin aparılması, genetik manipulyasiyalarla rekombinat produsientlərin əldə edilməsi və rekombinant produsientlərdən istifadə etməklə gen mühəndisliyi məhsulunun alınması və s.